הליך הניהול של פרויקטים בארכיאולוגיה ייחודי במאפייניו ודורש טיפול מקצועי על ידי בעלי ניסיון בתחום. להלן נציג הליך טיפוסי על מרכיביו.

שלב התכנון
כאמור לעיל, תכנון קפדני מלווה בתחקיר יסודי עשוי לסייע ליזמים בחסכון עתק בתשומות של זמן וממון.

תקצוב ההוצאות הצפויות
כפי שצויין בתחומי הייעוץ, הוצאות ארכיאולוגיות אינן גזירת שמים וניתן לתקצבן בקירוב לצורך הערכות נדרשת.

ניהול מו"מ עם הנציגים המוסמכים ברשות העתיקות
חוק העתיקות הינו חוק פרסונאלי המותיר למנהל מידה רחבה מאוד (יש האומרים רחבה מידי) של שיקול דעת. לפיכך יש חשיבות רבה בניהול מו"מ עם הנציגים המוסמכים של הרשות בהם גם המנכ"ל, זאת בכדי לנסות למזער את דרישות הרשות. מו"מ כזה מתנהל על ידי יועץ מנוסה מצוות קדם אשר מכיר את הנפשות הפועלות, את הרקע המקצועי שלהם ואת מידת יכולתם להכריע בסוגיות השונות. היועץ יכול לרכז נתונים באשר לתקדימים במדיניות הרשות בכול הקשור בפרויקטים דומים. היועץ יכול ללמוד לעומק את מאפייני הפרויקט ולהגיש דוח מקצועי מפורט לנציגי הרשות ובכך לסייע להם לקבל החלטות במידה רבה של התחשבות בצרכי היזם.

הכנת השטח לביצוע חפירות
הצלחתה של חפירה ארכיאולוגית נמדדת מנקודת מבטו של היזם בצמצום עלויות החפירה, בצמצום משך החפירה ובהקטנה של נזקי החפירה לפרויקט. הכנה נכונה של שטח החפירה על בסיס לימוד יסודי של תנאי השטח, התשתיות, עונות השנה וצרכי העבודה של הפרויקט, יאפשרו ליזם למזער את הנזקים הצפויים בשל החפירה.

ביצוע מכרזים לבחירת גוף מבצע חפירות ארכיאולוגיות ו/או שימור ושחזור
בארץ פועלים גופים ספורים העוסקים בביצוע חפירות ארכיאולוגיות. לכול אחד מהם חוזקות כמו גם חולשות. ניסוח המכרזים צריך להבהיר מפורשות למתמודדים מה רמת הציפיות מהם ובאילו תנאי סף הם נדרשים לעמוד. מצד שני, יש לקבוע את התנאי הסף בהתאם למקובל בתחום ולהימנע מדרישות מיותרות אשר יקשו ואף ימנעו מחלק מהמתמודדים להגיש הצעות למכרז ולאחרים, יגרמו ליקר את ההצעות ללא הצדקה. מרבית מכרזי הארכיאולוגיה שפורסמו עד כה נערכו על ידי מנהלי פרויקטים בהנדסה אשר כלל לא היו בקיאים בהתנהלות ארכיאולוגית.

פיקוח עליון על ביצוע החפירות
לאחר ביצוע המכרז, ישנה חשיבות רבה לליווי העבודות בידי יועץ מטעם קדם. היועץ יבצע מעקב אחר התקדמות העבודות והעמידה בדרישות ההסכם. היועץ יוכל לתת מענה להתפתחויות בלתי צפויות שהן כורח מציאות בעבודות ארכיאולוגיות.

בדיקת חשבונות
על היועץ הארכיאולוגי לבדוק ולאשר חשבונות ביניים וחשבון סופי המוגשים על ידי הזכיין במכרז.

מתן אישורי גמר ביצוע
בתום ביצוע העבודות על היועץ של קדם לאשר שהמשימות בוצעו כמתוכנן וניתן להתיר את עבודות הפיתוח שתוכננו באתר ושהאתר הושב ליזמים כפי שנדרש בהסכם.